O clube foi fundado em 21 de abril de 1965. Sagrou-se Campeão do Campeonato Baiano, da Segunda Divisão, em 1989, até então seu único título. Na edição de 2012, foi novamente promovido à primeira divisão do estadual, desta vez com o vice-campeonato.
Em 2011, a equipe estabeleceu uma parceria com a HWT Promoções Esportivas, empresa sediada em Campinas, que assumiu inicialmente a cogestão das categorias de base e, no início de 2012, o time profissional. Em 2014, rompeu com a empresa.
Em 2014, participou pela primeira vez de um torneio nacional, a Série D. O Leão do Sisal quase se classificou para a Série C 2015, mas foi eliminado nas quartas de final pelo Confiança de Sergipe.
Em 2015, pela primeira vez a equipe de Riachão se classificou para disputar a Copa do Brasil. Logo em sua primeira participação no torneio, o Jacuipense fez história e passou da 1ª fase, ao eliminar o Paraná nos pênaltis, mas na fase seguinte foi eliminado pelo Náutico.
Em 2019, o Jacuipense conseguiu o acesso inédito á Série C do Brasileiro após derrotar o Floresta.
Em 2020, no Campeonato Baiano, o Leão Grená chegou até as semifinais, sendo eliminado pelo Bahia.
Em 2021, o clube fez uma campanha ruim na Série C: na última rodada, apesar de derrotar o Altos, foi rebaixado para Série D.
Em 2022, no Campeonato Baiano, concretizou a sua melhor campanha no certame, terminando a primeira fase em 1º lugar. Nos 7 primeiros jogos, foi 100% de aproveitamento. Perdeu sua invencibilidade na oitava rodada, quando já se encontrava antecipadamente classificado na 1ª colocação. Avançando pela segunda fase, ou seja, a semi-fnal, passou pelo Barcelona de Ilhéus. Classificando assim à final inédita da sua história. Acabou perdendo o título: após conseguir um empate heroico, com o Estádio Carneirão lotado, com um jogador a menos desde meados do primeiro tempo, perdeu para o Atlético de Alagoinhas jogando no Valfredão.
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